Да, сервис 1С:Контрагент, подключенный к вашей подписке ИТС, будет работать во всех конфигурациях, которые подключены к этой ИТС, включая «Бухгалтерию предприятия» (БП) и «Управление торговлей» (УТ).
Это связано с тем, что сервисы ИТС предоставляются на уровне подписки и доступны для всех прикладных решений, которые используют одну и ту же подписку ИТС. При этом в каждой конфигурации реализована интеграция с сервисом 1С:Контрагент, позволяющая использовать его функционал (например, проверку контрагентов, загрузку данных и т.п.).
Важно, чтобы в каждой из конфигураций была корректно настроена интеграция с сервисом 1С:Контрагент — обычно это делается через стандартные механизмы платформы и конфигурации, а также чтобы пользователь имел соответствующие права доступа.
Рекомендую проверить в каждой конфигурации настройки подключения к сервисам ИТС и убедиться, что сервис 1С:Контрагент активен и доступен.
https://its.1c.ru/db/v8std (стандарты и методики разработки, включая интеграцию с сервисами)