Сергей, причина в том, что в таблице значений поле с типом «Дата» хранит только дату без времени, поэтому при присвоении значения с временем время обнуляется.
Чтобы сохранить и время, нужно при создании колонки таблицы значений указать тип «ДатаВремя», а не просто «Дата».
Например, при создании таблицы значений:
ТаблицаЗначений.Колонки.Добавить("Дата", Новый ОписаниеТипов("ДатаВремя"));
Если таблица значений уже создана с колонкой типа «Дата», то нужно пересоздать эту колонку с типом «ДатаВремя».
После этого при присвоении
НовСтр.Дата = НовДок.Дата;
время сохранится корректно и не будет обнуляться.