Да, для выполнения вакуумирования (VACUUM) SQLite журнала регистрации в 1С:Предприятии требуются права администратора. Это связано с тем, что операция вакуумирования требует монопольного доступа к базе данных, чтобы избежать конфликтов с другими процессами, которые могут пытаться записывать данные в журнал во время выполнения этой операции.