Максим, если вы вызовете метод Удалить для структуры в 1С и укажете ключ, который отсутствует в этой структуре, то произойдет следующее:
1. Метод Удалить просто не выполнит никаких действий, так как ключ не найден.
2. Ошибки или исключения не будет, и выполнение программы продолжится без изменений.
Таким образом, вызов метода Удалить с несуществующим ключом является безопасной операцией, и структура останется без изменений.
Если у вас есть дополнительные вопросы по работе со структурами в 1С, не стесняйтесь спрашивать!