Обработка работает только при включенном режиме модальности в свойствах конфигурации. Хорошая обработка, но всё же не до конца переписана со старой версии для обычных приложений в 1С для управляемых приложений.
Ответ в теме: Обработка для удаления документов 1С 8.2 и 8.3 (Управляемые формы)