Можно для начала попытаться выстроить правильную нумерацию с помощью обработки (установив период) только на те номера документов которые еще не распечатали. (Чтоб не рушить последовательность с бумажными копиями).
Делайте это все сперва на копии базы 1С. (Потом в оригинале).
У вас всегда будут проблемы с нумерацией, пока эти номера правят в ручную.
MS SQL здесь непричастна.