Для начала следует, привести нумерацию всех документов в порядок.
Вот обработка, поможет это сделать:
Скачать бесплатно обработку для перенумерации документов в 1С 8.2 8.3
Затем уже нужно разбираться.
Скорее всего кто-то из пользователей руками меняет номер документа. (Посмотрите в журнале регистрации)
Возможно некоторые документы у Вас создают автоматически.
Стоит посмотреть также как создают новые документы пользователи.