Проблему удалось решить полным сносом настроек пользователей, у которых происходили зависания. Вобщем то проблема оказалась связанна не с администрированием сервера, а с внутренними настройками пользователей в 1С.
Ответ в теме: Проблемы зависания 1С для отдельных пользователей