Как исправить логическую ошибку в запросе 1С с фильтром по типу регистратора?

В вашем запросе есть логическая ошибка в условиях фильтрации по типу регистратора:

| ТИПЗНАЧЕНИЯ(СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор) = ТИП(Документ.РеализацияТоваровУслуг)
| И ТИПЗНАЧЕНИЯ(СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор) = ТИП(Документ.ПоступлениеТоваровУслуг)

Ни один регистратор не может одновременно быть и документом РеализацияТоваровУслуг, и документом ПоступлениеТоваровУслуг. Это условие всегда ложно, и запрос не вернет ни одной строки.

Правильно нужно использовать оператор ИЛИ, а не И:

| (ТИПЗНАЧЕНИЯ(СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор) = ТИП(Документ.РеализацияТоваровУслуг)
| ИЛИ ТИПЗНАЧЕНИЯ(СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор) = ТИП(Документ.ПоступлениеТоваровУслуг))

Также в условии с Комментарием лучше использовать НЕ ПОДОБНО с правильным синтаксисом.

Исправленный запрос:

|ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Номенклатура,
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.КоличествоОборот,
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.КоличествоПриход,
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.КоличествоРасход,
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор
|ИЗ
| РегистрНакопления.СвободныеОстатки.ОстаткиИОбороты(&ДатаНач, &ДатаКон, Регистратор, Движения, ) КАК СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты
|ГДЕ
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Номенклатура В ИЕРАРХИИ(&Группа)
| И (ТИПЗНАЧЕНИЯ(СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор) = ТИП(Документ.РеализацияТоваровУслуг)
| ИЛИ ТИПЗНАЧЕНИЯ(СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор) = ТИП(Документ.ПоступлениеТоваровУслуг))
| И НЕ СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор.Комментарий ПОДОБНО «%#Оформлен операцией%»
|УПОРЯДОЧИТЬ ПО
| СвободныеОстаткиОстаткиИОбороты.Регистратор.Дата

Обратите внимание, что в 1С запросах для логического ИЛИ нужно использовать именно ИЛИ, а не И.

Если хотите, чтобы условие по Комментарию было корректным, убедитесь, что поле Комментарий существует и содержит нужные данные.

Если нужно, могу помочь с доработкой запроса под конкретную задачу.