Как исправить ошибки и упростить сложный запрос с вложенным выбором в 1С?

Ошибка в вашем фрагменте запроса связана с неправильным вложением ВЫБОРОВ и отсутствием закрывающих КОНЕЦ для всех веток. Кроме того, есть избыточные проверки, которые можно упростить.

Вот упрощённый и исправленный вариант для поля ЦенаРУБСкидка:

|ВЫБОР
| КОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Номенклатура.флФиксЦена
| ТОГДА
| ВЫБОР
| КОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Валюта ЕСТЬ NULL
| ТОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена
| ИНАЧЕ ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена * КурсНоменклатуры.Кратность / КурсНоменклатуры.Курс
| КОНЕЦ
| ИНАЧЕ
| ВЫБОР
| КОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Валюта ЕСТЬ NULL
| ТОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена * (1 — &Пр1 / 100) * (1 — &Пр2 / 100)
| ИНАЧЕ ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена * (1 — &Пр1 / 100) * (1 — &Пр2 / 100) * КурсНоменклатуры.Кратность / КурсНоменклатуры.Курс
| КОНЕЦ
|КОНЕЦ КАК ЦенаРУБСкидка

Объяснение:

— Внешний ВЫБОР проверяет флаг флФиксЦена.

— Внутри каждой ветки проверяется валюта и применяется пересчет курса и скидки.

— Убрана лишняя вложенность и дублирование.

Для поля Цена (без скидок) можно оставить так, как у вас:

|ВЫБОР
| КОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Валюта ЕСТЬ NULL
| ТОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена
| ИНАЧЕ ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена * КурсНоменклатуры.Кратность / КурсНоменклатуры.Курс
|КОНЕЦ КАК Цена

Так будет проще и без ошибок.

Если хотите, могу помочь оформить полный запрос.