Нужна ли очистка базы 1С после наката пустого бэкапа?

Если на существующую базу 1С накатить бэкап с пустой базой, то дополнительная очистка базы не нужна. При восстановлении из бэкапа 1С полностью заменяет содержимое базы на состояние, сохранённое в бэкапе. То есть вся текущая информация в базе будет перезаписана и удалена, а база станет такой, как в момент создания бэкапа (в вашем случае — пустой).

Важно:
— Перед восстановлением обязательно сделайте резервную копию текущей базы, чтобы не потерять данные безвозвратно.
— Если база работает в клиент-серверном режиме, восстановление лучше делать средствами СУБД или через администрирование сервера 1С.
— В файловом режиме достаточно просто заменить файл базы на файл из бэкапа.

Таким образом, после восстановления из пустого бэкапа база будет уже очищена, и никаких дополнительных действий по очистке не требуется.